デフォルト検索というか、フォールバック結果での検索を変更したかったので調べたりしました。
フォールバック結果というのは、Alfredが検索できなかった時に表示されるリストで、こんな感じで出てくるヤツです。

気に入らないのがまずトップが Googleである点、そして Amazon / Wikipediaが USサイトである点でした。
ここの設定は、Preferenceの General → Default Results → Fallbacksの「Setup fallback results」ボタンを押すことで編集できました。